Sim. Mesmo estando com débitos, o contribuinte pode dar baixa e pagar a dívida em nome da pessoa física.
A baixa do registro, sem quitação dos débitos, não impede que posteriormente sejam lançados ou cobrados do titular os impostos, contribuições e respectivas penalidades decorrentes da simples falta de recolhimento ou da prática comprovada e apurada em processo administrativo ou judicial de outras irregularidades praticadas.