O cancelamento de MEI está previsto no Estatuto da Microempresa e da Empresa de Pequeno Porte, no parágrafo 15-B, do artigo 18-A. O CGSIM - Comitê para Gestão da Rede Nacional para Simplificação do Registro e da Legalização de Empresas e Negócios - criado para tratar do processo de registro e de legalização de empresários e de pessoas jurídicas, realizou a regulamentação por meio da Resolução n° 36/2016, alterada pela Resolução n° 39/2017, que estabelece o cancelamento da inscrição do MEI que não cumpre nenhuma de suas obrigações fiscais.
A Resolução publicada prevê que antes do cancelamento efetivo, o MEI terá seu CNPJ suspenso por 95 dias e só depois deste prazo, caso ainda continue inadimplente, a baixa acontecerá definitivamente.
A relação dos MEIs que tiverem suas inscrições no CNPJ suspensas ou canceladas serão publicadas no Portal do Empreendedor.