O MEI que é prestador de serviços no Município de São Paulo também está dispensado de emitir nota fiscal em relação aos serviços prestados a consumidores, pessoas físicas. Por outro lado, se prestar serviços a empresas (pessoas jurídicas), deverá emitir a nota fiscal. Neste caso, o MEI deve emitir a Nota Fiscal de Serviços Eletrônica (NFS-e).
Em razão de seu baixo faturamento anual, o MEI não está obrigado a utilizar NF-e. No entanto, os prestadores desobrigados, inclusive o MEI, também podem optar pela utilização de NF-e de serviços no Município de São Paulo.